Kuruluş çalışmalarına merhum Kadir Has‘ın öncülüğünde,  Kadir Has Vakfı (HASVAK) tarafından 1992’de başlanan Üniversitemizin resmi kuruluşu 28.05.1997 tarih ve 4263 sayılı yasayla gerçekleştirildi.

Selimpaşa Kampüsü’nün inşasına 1998’de, Merkez Kampüsün önemli bir kısmını oluşturan Haliç kıyısındaki tarihi Tekel Cibali Sigara Fabrikasının restorasyonuna 1999’da başlandı. 2000-2001 döneminde Bahçelievler Kampüsü’nü kullanıma alan Üniversite, 2001-2002 öğretim yılından itibaren faaliyetlerini Cibali, Selimpaşa ve Bahçelievler kampüslerinin tümüne yaydı. 2007 yılı sonunda Cibali Kampüsünü büyütecek modern D Blok yapıldı. Spor Salonu ve ilişkili tesisler 2008 yılında Fatih Belediyesi işbirliğinde gerçekleştirildi. Cibali Kampüsü’nün adını 28 Mart 2007 tarihinde Kadir Has Kampüsü olarak değiştirildi.

Üniversitenin kurucu rektörü Prof. Dr. Ergür Tütüncüoğlu görevini 2002’de Prof. Dr. Yücel Yılmaz’a; o da Şubat 2010’da üçüncü rektör Prof. Dr. Mustafa Aydın‘a devretti.