Şanlıurfa’da kurulan ilk yüksek öğretim birimi “Şanlıurfa Meslek Yüksekokulu”dur (1976). Daha sonra, Dicle Üniversitesine bağlı Ziraat Fakültesi (1978), Mühendislik Fakültesi İnşaat Mühendisliği Bölümü (1984) ve Gaziantep Üniversitesine bağlı İlahiyat Fakültesi (1988) kurulmuştur. Bu birimler 09.07.1992 tarih ve 3837 sayılı kanunla Harran Üniversitesine bağlanmıştır. Ayrıca Fen-Edebiyat, Tıp Fakültesi, Şanlıurfa Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu, Sosyal, Fen ve Sağlık Bilimleri Enstitüleri kuruluş kanununda yer almıştır.

1994 yılında Siverek, Hilvan, Suruç, Birecik, Viranşehir ve Bozova Meslek Yüksekokulları; 1995 yılında ise Veteriner Fakültesi, İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi ile Akçakale ve Ceylanpınar Meslek Yüksekokulları; 1997 yılında da Sağlık Yüksekokulu ve Kahta Meslek Yüksekokulu kurulmuştur. Ancak, Kahta Meslek Yüksekokulu 01.03.2006 tarih ve 5467 sayılı kanunla kurulan Adıyaman Üniversitesi’ne bağlanmıştır.

29.07.2007 tarih ve 26597 sayılı Resmi Gazete’de yayınlanan Bakanlar Kurulu kararına göre Eğitim Fakültesi, Güzel Sanatlar Fakültesi ve Turizm ve Otel İşletmeciliği Yüksekokulu kurulmuştur. Son olarak, 05.12.2007 tarih ve 26721 sayılı Resmi Gazete’de yayınlanan Bakanlar Kurulu’nun 02.11.2007 tarih ve 2007/12786 sayılı kararına göre Beden Eğitimi ve spor Yüksekokulu kurulmuştur.

Üniversitede  10 Fakülte, 5 Yüksekokul, 1 Devlet Konservatuarı, 11 Meslek Yüksekokulu, 3 Enstitü, 10 Araştırma ve Uygulama Merkezi ile faaliyetlerini sürdürmektedir.Şanlıurfa’da kurulan ilk yüksek öğretim birimi “Şanlıurfa Meslek Yüksekokulu”dur (1976). Daha sonra, Dicle Üniversitesine bağlı Ziraat Fakültesi (1978), Mühendislik Fakültesi İnşaat Mühendisliği Bölümü (1984) ve Gaziantep Üniversitesine bağlı İlahiyat Fakültesi (1988) kurulmuştur. Bu birimler 09.07.1992 tarih ve 3837 sayılı kanunla Harran Üniversitesine bağlanmıştır. Ayrıca Fen-Edebiyat, Tıp Fakültesi, Şanlıurfa Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu, Sosyal, Fen ve Sağlık Bilimleri Enstitüleri kuruluş kanununda yer almıştır.