Üniversite, Fatih Sultan Mehmet Han Vakfı, Sinan Ağa bin Abdurrahman Vakfı, Nurbanu Valide Sultan Vakfı, Hatice Sultan Vakfı ve Abdullahoğlu Hacı Abdülaziz Ağa Vakfı kurucu vakıflarıyla birlikte T.C. Başbakanlık Vakıflar Genel Müdürlüğü tarafından 2010 yılında kurulmuştur.

Fatih Sultan Mehmet Üniversitesi beş fakülte, dört enstitü ve iki meslek yüksek okulu olmak üzere toplam on akademik birimden oluşmaktadır.

Üniversite kuruluş amaçları arasında;

*Mazbut vakıfların vakfiyelerinde yazılı eğitim hizmetlerini yerine getirmek,
*Ülke ve milletin geleneksel birikimini çağdaş bilgiyi ve teknikleri kullanarak belirlemek, değerlendirmek ve yeniden yorumlamak,
*Araştırma ve inceleme yoluyla elde edilen sonuçları bilim dünyasıyla ve toplumla paylaşmak,
*Üniversitenin ilgili bölümlerinde yetişecek genç, donanımlı ve uzman teknik elemanlar ile vakıfların ihtiyaç duyduğu nitelikli insan gücünü oluşturmak,
*Bu değerleri koruyup yaşatarak ülkenin ve insanlığın kültürel mirasına katkıda bulunmak yer almak bulunmaktadır.

Üniversite vizyonu ulusal ve uluslararası düzeyde bilimsel çalışmalar ışığında, kültürel ve sosyal açıdan donanımlı, geleneksel değerleri çağdaş bilgi ile sentezlemiş ve meslek bilincine sahip fertlerin yetişmesine önem veren, öğrencileri, mezunları ve mensuplarıyla bütünleşmiş, çalışanlarına değer veren ve onlara değer katan, bütün bunların yanı sıra özgün kurumsal yapısı ve uygulamalarıyla eğitim dünyasında rekabet etmek yerine kendisine ayrı bir çığır açan; bunun için yenilikçi, sağlam bilgiye açık, hak, hakikat ve hakkaniyete bağlı, özgürlükçü, akademik bir kurum olmaktır.

İnsan, toplum ve din bilimleri, sanat, eğitim ve teknoloji alanlarında gerçekleştireceğimiz çalışmalar ile üniversitemizin bir yükseköğretim kurumu olarak eğitim dünyasında kendine açtığı yolda ulusal ve uluslararası eğitim ve araştırma ağlarından en verimli şekilde yararlanıp, ülkemizin nitelikli insan gücünü artırma ve geliştirme çabası içerisinde öğrencilerimize, topluma önderlik etmek, medeniyet değerlerimiz ışığında bilim dünyasına önemli katkılar sağlamak en önemli misyonumuzdur.