Üniversitenin temeli, 1974 yılında Milli Eğitim Bakanlığınca kurulan Eğitim Enstitüsü ile birlikte atılmıştır. 1975 yılında Milli Eğitim Bakanlığı Amasya Meslek Yüksekokulunu açmıştır.

1982 yılında YÖK’ün kurulmasıyla birlikte, Eğitim Enstitüsü ve Amasya Meslek Yüksekokulu Ondokuz Mayıs Üniversitesine bağlanmıştır. Aynı yıl Ondokuz Mayıs Üniversitesi Eğitim Fakültesine bağlı olarak “Eğitim Yüksekokulu” kurulmuştur.

Amasya Üniversitesi 17.03.2006 tarih ve 26111 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanarak yürürlüğe giren, 01.03.2006 tarih ve 5467 Sayılı Kanun’la kurulmuştur.

Misyonu

Amasya Üniversitesi, ülkenin çağdaş dünyada öncü ve önder olması için araştırma, öğrenme, sağlık ve eğitim ihtiyacına evrensel, bilimsel ve etik değerlerden ödün vermeden hizmet edecek, ülke ekonomisine, sağlığa, sanata ve kültüre katkıda bulunacak aydın insanlar yetiştiren girişimci ve yenilikçi bir üniversite olacaktır.

Vizyonu

Amasya Üniversitesi, Amasya’nın tarihte yerine getirdiği misyonu ve sorumluluğu ile akademik, teknolojik ve kültürel başarısını bölgesel, ulusal ve uluslararası alanlarda ispatlayacağı, temel değerlerinden ödün vermeden, çağdaş, sanat, bilim, yönetim öğrenim ve eğitim anlayışı ile dünya üniversiteleri arasına girmeye çalışacak bir eğitim kurumudur.