Üniversitesinin kuruluş temelleri Iğdır Meslek Yüksekokulu’na dayanır. 1995 yılında Kafkas Üniversitesi’ne bağlı olarak kurulan Iğdır Meslek Yüksekokulu o yıl sadece İşletmecilik bölümüyle, 20 öğrencisine, 16 okutman, 1 hizmetli ve 1 memur ile hizmet vermekle başladı.

Hızla büyüyen Iğdır MYO kısa sürede 8 örgün, 5 ikinci öğretim programıyla 1500’ü aşkın öğrenciye hizmet verir hale geldi. 2001 yılından itibaren süregelen fakülte kurulması girişimleri 2006 yılında sonuç verdi ve değerli tarım alanlarına sahip ilimiz, Kafkas Üniversitesine bağlı olarak Iğdır Ziraat fakültesine kavuştu. Iğdır Ziraat Fakültesi yoğun faaliyetleri sonucu nihayet 2008 ÖSS kılavuzunda yerini aldı ve 30 öğrencisiyle eğitime başlarken 2008-2009 Öğretim Yılında Iğdır Üniversitesi kurulması kararı alındı.

Prof. Dr. İbrahim Hakkı Yılmaz’ın rektör olarak atanması ile Iğdır Üniversitesi resmen hizmete başladı. Iğdır halkı ve yöneticilerinin de desteğiyle Iğdır Üniversitesi kısa sürede gelişmiş, Iğdır ili ve çevresine kurulduğu günden itibaren eğitimin ışığını yansıtmaya devam etmektedir.

Üniversitede bugün 6 fakülte, 1 yüksekokul, 2 meslek yüksekokulu,3 enstitü, 4 uygulama ve araştırma merkezinin yanında toplam 375 akademik ve idari personeli ve 3126 öğrencisi bulunmaktadır.