01 Mart 2006 tarih ve 5467 Sayılı Kanunla kurulmuştur. Kanunun yürürlüğe girmesinin ardından daha önce Erciyes Üniversitesi’ne bağlı olarak eğitim veren fakülte ve yüksekokullar Bozok Üniversitesi’ne bağlanarak müstakil bir yapı kazanmıştır.2007-2008 eğitim-öğretim yılında 3 fakülte, 1 yüksekokul, 2 meslek yüksekokulu ve 2enstitü ile hizmet vermiştir. 2011 yılı itibariyle toplam 8 fakülte, 6 meslekyüksekokulu, 3 yüksekokul, 3 enstitü, 1 araştırma ve uygulama hastanesi,3 araştırma merkezi ile hizmet vermeye devam etmektedir.

Fakültelerden; Fen Edebiyat Fakültesi, İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi, Mühendislik Mimarlık Fakültesi, Tıp Fakültesi ve Ziraat Fakültesi eğitim öğretime devam etmektedir. İletişim, Eğitim, İlahiyat Fakülteleri ise kurulmuş olup henüz eğitim öğretime başlanmamıştır. Hukuk Fakültesi’nin kurulması için başvuru yapılmış olup onay beklenmektedir. Yüksekokullardan; Sağlık Yüksekokulu eğitim öğretime devam etmekte olup, Beden Eğitimi ve SporYüksekokulu ile Turizm İşletmeciliği Otelcilik Yüksekokulları ise henüz eğitime başlamamıştır. Kurulu 6 Meslek Yüksekokulundan; Yozgat Meslek Yüksekokulu, Akdağmadeni Meslek Yüksekokulu ve Yerköy Adalet Meslek Yüksekokulu eğitim öğretime devam etmektedir.
2011 yılı itibari ile toplam 393 akademik, 228 idari personeli ile hiztmet veren Üniversitede toplam 7364 öğrenci eğitim-öğretim görmektedir.
Misyonu
• Ülkenin gelişmiş ülkeler düzeyine ulaşma amacına uygun eğitim sunmak,
• Küresel düzeyde geçerliliği olan bilgi ve beceriler ile donatılmış üst düzey yeterliliklere sahip idealist bireyler yetiştirmek,
• Bilime katkı sağlayan, ülkede ve dünyada kullanılabilir, özgün bilgi ve teknoloji üretmek,
• Şehrinde yüksek standartlarda sağlık hizmetleri sunmak,
• Şehrindeki kurum ve kuruluşlarla işbirliğine giderek, mensuplarının ve toplumun ekonomik, sosyal, kültürel ve sportif gelişimine katkı sağlayacak faaliyetler düzenlemektir.
Vizyonu
• Bilgi ve teknoloji üretiminde bilimsel, kültürel, sosyal, sanatsal ve sportif alanlarda Türkiye’de önde gelen ve dünyada saygın,
• Mezunları tercih edilen ve aranan,
• Katılım, şeffaflık ve ölçülebilirlik odaklı, kurumsallaşmanın geliştirildiği,
• Toplumun hızlı gelişim ve değişim sürecinde iletişim araçlarından faydalanan,
• Hayat boyu eğitim anlayışına sahip,
• Uluslararası nitelikte öğrenci ve öğretim elemanı yapısına sahip bir
üniversite olmaktır.

Değerleri
• Atatürk İlkeleri
• Hukukun Üstünlüğü
• Evrensel Değerlere Saygı
• İnsan Hakları
• İfade Özgürlüğü
• Fırsat Eşitliği
• Bilimsel Etik Kurallar
• Toplumsal Yararlılık
• Yaratıcı Düşünce
• Sürekli Gelişme
• Katılımcılık
• Şeffaflık
• Güvenilirlik
• Araştırmacılık
• Yenilikçilik
• Yaratıcılık
• Toplumsal Yararlılıktır