1949 yılında Trabzon‘un Of ilçesinde doğdu. İstanbul Devlet Mimarlık ve Mühendislik Akademisi İnşaat Mühendisliği Bölümü mezunu olan Bayraktar, 2000-2001 yıllarında Ankara Büyükşehir Belediyesi Metropol İmar A.Ş’de Genel Müdürlük yaptı.

Vatani görevini yerine getirdiği 1977-1979 yılları arasında, Eskişehir-Afyon-Kütahya-Balıkesir’de 6 bin askeri lojman inşaatında kontrol amir vekilliği yapan Bayraktar, daha sonra bazı kooperatiflerde görev aldı. 1989-1999 yılları arasında İstanbul Büyükşehir ve Eminönü belediyelerinde belediye meclis üyeliği yaptı. 1995’te İstanbul Büyükşehir Belediyesinin konut şirketi KİPTAŞ’a genel müdür olan Bayraktar, 1999-2000 yılları arasında ABD’de 10 ay süreyle Yabancı Dil ve İnşaat Teknolojileri Eğitimi aldı.

Bükreş Üniversitesinde İnşaat Sözleşmeleri konusunda tez hazırlayan Bayraktar, 2000-2001 yıllarında Ankara Büyükşehir Belediyesi METROPOL İmar AŞ’de genel müdürlük, 2001-2002 yıllarında Ankara Büyükşehir Belediyesi PORTAŞ’ta genel müdür danışmanlığı yaptı.

Genel seçimlerin ardından TOKİ’de 2002 yılında başkanlık görevine getirilen Erdoğan Bayraktar, atama kararnamesi Cumhurbaşkanlığı tarafından onaylanmadığı için 2007 yılı Ekim ayına kadar bu görevi vekaleten sürdürdü. Bayraktar’ın atanmasına ilişkin kararname, Cumhurbaşkanı değişikliğinden sonra onaylandı ve TOKİ Başkanlığına devam etti.

12 Haziran 2011 seçimlerinde AK Parti adayı olarak Trabzon’dan milletvekili seçildi ve parlamentoya girdi.

06 Temmuz 2011 günü Başbakan Recep Tayyip Erdoğan tarafından açıklanan 61. Hükümette Çevre ve Şehirçilik Bakanı olarak görevlendirildi.

17 Aralık 2013 günü yapılan yolsuzluk soruşturmasında oğlu Abdullah Oğuz Bayraktar gözaltına alındı, ardından sevkedildiği mahkeme tarafından serbest bırakıldı. Olayın ardından 25 Aralık 2013 günü babası Erdoğan Bayraktar bakanlık görevinden istifa etti. Bakanlık ve Milletvekilliğinden istifa ettiğini NTV Televizyonuna telefon bağlantısıyla katıldığı bir programda açıkladı.