Muşta yerel paşalık yapan Aleaddin paşa zamanında 1794’te İran şahı Doğu Anadolu’ya girerek Muş ve Hınıs’ı yağmalattı. İran’lıların kışkırtmasıyla çıkan isyanları bastırmak için harekete geçen Osmanlı Devleti yardımcı kuvvet olarak yerel paşalardan asker toplarken Muş Beylerbeyi Aleaddin paşanın oğlu Emin paşadan da yardım aldı ve isyancı aşiretler üzerine yürüdü. 1821 de Kaçar hanedanından Fatih Ali Şahın veliahtı ve Iran şahı Abbas Mirza Doğu Anadolu’ya girerek Muş ve çevresini yağmaladı.

1826’da Sultan II. Mahmut Yeniçeri Ocağını kaldırırken Erzurum Eyaletinde Yeniçeri ağası olan Gürcü Osman Paşa, Muş Beylerbeyi Emin paşa tarafından yakalanarak Varto’ya getirilip idam edildi. Bu esnada Doğu Anadolu’daki yerel paşalar, nüfuslarını artırarak merkezi otoriteye karşı ayaklanmaya başladılar. 1839’da ilan edilen Gülhane Hattı Hümayunu’ ile birlikte yerel beyliklere son verilmeye başlandı. Muş’un Bağlar Köyü yakınındaki Alaeddin Paşa oğullarının konağına hücum eden halk, konağı yağmaladı. Devlet Muş’ta yerel paşalığa son vererek burayı Erzurum’a bağlı sancak merkezi haline getirdi.

1889’da II. Abdülhamit Doğu Anadolu’da sükûneti sağlamak ve doğudan gelecek Rus tehlikesine karşı mahalli güçleri kullanmak için Hamidiye Alayları kurdurdu Hamidiye alaylarının paşaları yöredeki aşiret ağalarından seçildi. Aşiret ağalarının oğulları İstanbul’da açılan askeri okullarda eğitilerek Hamidiye alaylarının başına getirildi. 1890’lı yıllardan itibaren Doğu Anadolu’da Ermenilerin faaliyetleri başladı. Çeteler halinde hareket eden Ermeniler Muş, Bulanık, Malazgirt ve Varto köylerinde katliama giriştiler. Hıristiyan ve doğuda Rusların müttefikleri olmaları sebebiyle Ermeniler hem Avrupa âleminden hem de Çarlık Rusya’sından yardım görerek komiteler kurmaya başladılar. Dışarıdan Osmanlı Devletine baskı yaptırarak Doğu Anadolu’da bir Ermeni Devleti kurmak için harekete geçtiler. Hamidiye alayları doğuya dışarıdan gelecek tehlikelere karşı koymada yararlı olurken aşiret kavgalarında aynı başarıyı gösteremediler. Muş, Malazgirt, Varto ve Bulanıkta aşiret kavgaları alevlendi bazı Hamidiye alaylarının taraflı hareket etmesi üzerine yörede asayiş tamamen bozuldu ve aşiretler arası çatışmalar yoğunlaştı.

XIX. yy’ın sonları ve XX yy.ın ilk yıllarında Muş bölgesi harici teşviklerle körüklenen Ermeni Taşnakları’nın ihtilal hareketine sahne oldu. 1894’de Sason ihtilalini müteakip 1895 senesi içerisinde hükümetin kurduğu ve Erzurum’daki Fransa, İngiltere ve Rus Konsoloslarının katıldığı bir heyet Muş’ta toplanarak isyanın sebeplerini görüştü. 1901 senesinde Muş ovasında faaliyetlerde bulunan Ermeni çeteleri köyleri yağmaladılar ve hükümet kuvvetleri ile çarpıştılar. 1905’teki Ermeni baskınları Muş ve çevresine büyük zararlar verdi.

1914’de 1. Dünya savaşlarında Osmanlı Ordusu’nun Kafkas seferi büyük hezimetle sonuçlandı. Rus orduları Doğu Anadolu’yu işgal etmeğe başladı. 1915 yılında Ruslar Eleşkirt ve Pasinler üzerinden Malazgirt’e doğru ilerlediler. Bundan cesaret alan Ermeniler Rus işgalini kolaylaştırmak için Muş Varto ve Bulanık’ta Müslüman köylerine baskınlar düzenlemeğe başladılar. Rusların desteklediği ermeni katliamlarından korkan halk Elazığ ve Diyarbakır tarafına kaçmağa başladı. 1915 yılının Şubat ayında Varto, 1916 yılında da Muş Rus ordusunun eline geçti. Rus ordusu içerisinde gönüllü askerlik yapan Ermeniler asırlar boyu beraber yaşadıkları Muş halkını katletmeğe başladılar.

1916 yılında Diyarbakır 16. Kolordu Komutanlığına Çanakkale’de başarı kazanmış olan Mustafa Kemal Paşa atanınca buradaki çatışmaların seyri değişti. Kısa zamanda toparlanmağa başlayan 2. Ordunun 16. Kolordusuna ait 8 tümen Muş çevresinde toplanmış, gönüllülerle 3 Ağustosta saldırıya geçti ve Kurtik dağları üzerinden Muş şehrine girdi. Rus birlikleri kontrolleri altındaki köylerde katliam yaparak geri çekildiler. Ne var ki Ruslar yeni birliklerin katılmasıyla yeniden saldırdılar ve Muş’a girdiler. Ama Rus işgali fazla uzun sürmedi. Türk ordusu 1917 yılının bahar aylarında karşı saldırıya geçerek 30 Nisan günü şehri Ruslardan geri almağa muvaffak oldu.

18 Ağustos 1917 de yapılan ateşkes antlaşmasına göre Ruslar Doğu Anadolu’dan çekildiler. Ruslar çekilirken ordunun ağırlıklarını Ermenilere bırakarak onları Türk’lere karşı harekete geçirmeğe çalıştılar.1. Dünya savaşının galipleri Mondros Mütarekesi Wilson prensipleri ve Sevr antlaşmasında açıkça görüldüğü gibi Doğuda Ermenilere devlet kurdurtmağa çalıştılar. Ermeniler de bu toprakları ele geçirmek özellikle Wilson prensiplerindeki maddeye göre bölgede çoğunluğu elde etmek için katliamlara giriştiler. Muş ve çevresi de bu katliamlara maruz kaldı.

Sevr anlaşmasına dayanarak Doğuda devlet kurmak isteyen Ermeniler teşkilatlandırdıkları komitelerle katliamlarına devam ederken, Anadolu’da işgal edilmeye başlanmıştı. 19 Mayıs 1919’da Samsuna çıkan Mustafa Kemal Paşa Amasya tamimini yayınladıktan sonra Erzurum’a geçti. Bu sırada Doğu Anadolu halkı Ermeni katliamlarını durdurma ve Ermenilere karşı mücadele kararı alırken civar vilayetlere dağılmış olan Muş halkı da yeniden şehre dönmeye başladı. Ermenistan üzerinden Doğu Anadolu’ya giren Ermeni orduları, Kazım Karabekir Paşa komutasındaki Türk ordusunca yenilgiye uğratıldı. Gümrü Antlaşmasıyla da Doğu Anadolu işgal ve katliamlardan kurtuldu.

Cumhuriyetin ilânından sonra yurtta kalkınma hamlesiyle birlikte önemli inkılâplar yapılmaya başlandı. Bu inkılâplara tepki. Olarak Doğu Anadolu’ da Şeyh Sait İsyanı patlak verdi. Bu isyanı destekleyenlerin başında Ha-midiye Alayları’nın komutanlığını ya­pan ve doğuda büyük nüfuzu olan Halit Paşa da bulunuyordu. Halit Paşa’nın Osmanlı Devleti’nin çöküşü sırasında kurulan zararlı cemiyetler­den Kürt Teali cemiyetiyle yakından ilişkisi vardı. Hamidiye Alayları’nın gücüne güvenen Halit Paşa, dışar­dan da destek göreceğini umarak isyan etmek için yöre halkından kuv­vet toplamaya başladı. T.B.M.M. Bit­lis Mebusu Yusuf Ziya Bey’le anlaştı. Kendisi Doğu Anadolu’da ayaklanır­ken bir yandan da isyanının amacını diğer Cemiyeti Akvama duyurarak olayı milletlerarası mesele haline ge­tirmeye çalıştı. Halit Paşa bu maksat­la Varto’nun Kereç Köyü’nde aşiret ağalarıyla yaptığı toplantıda umduğu desteği bulamadı. Bunun üzerine kendisine katılmayan ağaları, Ankara Hükümeti’ne isyan etmiş gibi göster­meye çalıştı. Aşiretler üzerine yaptığı baskınlarla Varto ve Bulanık çevre­sinde yağmalama hareketlerinde bu­lundu. Olayın aslı anlaşılınca Halit Bey Erzurum’a davet edilerek orada Kolordu Divanı Muhasebat Komisyon Reisliği vazifesiyle alıkondu ve miralay rütbesi verildi. Erzurum’da siyasi faaliyetlerine de­vam eden Halit Paşa bu sefer şeyh­lere yanaşmayı denedi.

Türkiye Cumhuriyeti’nin çıkarmış olduğu ka­nunları İslam’ın aleyhine göstererek Şeyh Sait’in desteğini aldı. Pasinler depremi sebebiyle Erzurum’a gelen Mustafa Kemal Atatürk, Halit Bey’in faaliyetlerini öğrenerek tutuklanması­nı emretti. Bitlis Cezaevi’nden Şeyh Sait’le haberleşen Halit Bey, isyanın bastırma emrini verdi. 5.2.1925’de Doğu Anadolu’da büyük bir isyan çıktı. Şeyh Sait’in kuvvetleri dört kola ayrılarak Doğu Anadolu’ya yayılırken dördüncü kol Muş, Varto, Malazgirt ve Göynük çevresini işgal etmeye çalıştı. Varto’yu ele geçiren isyancılar Muş’a ilerledilerse de Muş Vali Vekili Sırrı Bey, halktan topladığı yardımcı kuvvetlerle Murat Köprüsü civarında Şeyh Sait’in isyancılarını mağlup etti ve isyancıların Varto’ya geri çekilme­sini sağladı. Bu olaylar esnasında Halit Bey ve Yusuf Ziya, Bitlis Cezaevinde idam edildi. Dört ayrı yerdeki isyanın üçü bastırılınca Şeyh Sait Varto’ya gelerek Bulanık üzerinden İran’a geçmeye çalıştı. Şeyh Sait’in önderliğinde Muş’a doğru tekrar iler­leyen isyancılar, Muş-Varto arasında­ki tarihi Abdurrahman Paşa Köprüsü üzerinde askeri kuvvetlere teslim ol­mak zorunda kaldı. Böylelikle Muş halkının desteklemediği, ama Var­to’ya büyük zararlar vermiş olan Şeyh Sait isyanı sona erdi.