Eskiçağda bir çok Anadolu şehrinin kurucu (ktistes) tanrısı veya kahramanının olduğu bilinmektedir. Bu mitolojik kuruluş Amasya için de geçerlidir.

Roma İmparatoru Septimius Severus (M.S. 193-211) dönemine ait bir Amasya sikkesi üzerinde yer alan ERMHC KTICAC THN POLIN yazıtından hareketle Hermes’in Amasya kentinin kurucu tanrısı olduğu kabul edilmektedir.

Hitit belgelerine göre Amasya’nın bilinen ilk adının Hakmiş [Khakm(p)is] olduğu sanılmaktadır. Bu isimin Perslerin Amasya’yı fethine kadar devam ettiği değerlendirilmektedir.

Amasya’nın Mitridates Krallığı Dönemi’ndeki adı “Amasseia” dır. Özellikle M. Ö. II. yüzyıldan itibaren darp edilen Amasya şehir sikkelerinde AMASSEİA ibaresi açıkça görülmektedir. Zaten coğrafyacı Strabon’da Amasya için Amaseia sözcüğünü kullanmaktadır.

Amaseia sözcüğü, “Ana” anlamına gelen ve özellikle “Ana Tanrıça” yı kasteden ‘Ama’ ve onun çeşitlemesi olan ‘Mâ’ ibaresi ile bağlantılıdır. Bundan hareketle denilebilir ki Amaseia “Ana Tanrıça Mâ’nın şehri” anlamına gelmektedir.

Ana Tanrıça Mâ, Perslerin Anadolu’yu fethinden sonra tapımı yaygınlaşan doğu kökenli bir tanrıçadır. Aynı zamanda bu tanrıça Mitridates ve Kapadokya’nın yerel tanrıçasıdır. Amaseia sözcüğü de Persler zamanındaki asıl söyleniş şeklinin Hellen ağzına uydurulmuş biçimidir.

Roma döneminde Amaseia adı fazla bir değişikliğe uğramadan AMACIAC (Amasia) olarak kullanılmıştır. Örneğin, İmparator Septımıus Severus, Caracalla ve Severus Alexander döneminde darp edilmiş Amasya şehir sikkelerinde AMACIAC adını görmekteyiz.

Bizans Devri’nde de Amasia adının değişmeden devam ettiği bilinmektedir.

Amasya’nın adı Danişmendliler zamanında ise bazen Amasiyye, bazen de Şehr-i Haraşna olarak anılmıştır.

Selçuklu, İlhanlı, Beylikler ve Osmanlı İmparatorluğu döneminde de Amasya adı herhangi bir değişikliğe uğramadan günümüze kadar gelmiştir.

Amasya sınırları içerisinde Kalkolitik Çağ’a ait önemli bazı yerleşmeler arasında Amasya merkez Ovasaray Köyü Hamam Tepesi Höyüğü, Sarımeşe KKünbet Höyük, Keşlik Köyü Koşapınar Höyük ve Ayvalıpınar Köyü Ayvalıpınar Höyüğü ile Suluova ilçesi Kanatpınar Köyü Devret Höyük ve Deveci Köyü Yoğurtçu Baba Höyükleri sayılabilir.

lk Tunç Çağı’nda da (3000-2500) Amasya’da yoğun bir yerleşmenin olduğu bilinmektedir. Bu dönem höyüklerine Amasya merkez Yassı Höyük (Oluz Höyük), Gümüşhacıköy ilçesi Sallar Höyük, Merzifon ilçesi Hayrettin Köyü Delicik Tepe Höyüğü, Göynücek ilçesi Gediksaray Höyük, Alakadı Köyü Türkmenlik Tepe Höyüğü ve Merzifon ilçesi Kayadüzü Höyük örnek verilebilir.

Amasya, Orta Tunç Çağı’nda (M.Ö. 2500-2000) Mezopotamya yazılı belgelerinde “Hatti Ülkesi” olarak bilinen uygarlığın sınırları içerisinde kalmıştır. M.Ö. 2500-2000 tarihleri arasında Anadolu’da güçlü bir uygarlık kurmuş olan Hattiler’e ait önemli yerleşmelerden biri de Amasya Merkez İlçeye bağlı Mahmatlar Höyüğü’dür.

Mahmatlar Höyük, 1949 yılında defineciler tarafından kaçak kazılar sonucu tahrip edilmiştir. Burada bulunan eserler daha sonra resmi makamlarca ele geçirilmiş olup altın, gümüş ve bronzdan oluşan bu eserler Hatti Uygarlığı’nın önemli eserlerindendir.

Hatti egemenliğine Hititler tarafından son verilmesi üzerine Amasya, Hititlerin egemenlik sahasında kalmıştır. Kendilerini Nesice konuşanlar anlamına gelen Nesili sözcüğü ile adlandıran Hititler Anadolu’da büyük bir siyasi birlik kurmuşlardır. Amasya şehri de bu dönemde Hititlerin sınırları içerisinde kalmıştır.

Hititlerin Amasya’daki önemli yerleşim yerlerinden biri Amasya merkez Doğantepe (Zara) Beldesi’dir. Bu beldede bulunmuş olan ve M.Ö. 1400-1200 yılları arasına tarihlendirilen Hitit Fırtına Tanrısı Teşup’a ait olan bronz heykel günümüze intikal etmiş önemli Hitit eserlerindendir.

Hititler, içinde bulundukları kuraklık ve kıtlığın etkisiyle yaşadıkları bunalımlı bir dönemde, bir görüşe göre Karadeniz dağlarında yaşayan Kaşgaların diğer bir görüşe göre ise, içinde Friglerin de bulunduğu ve Balkanlardan Anadolu’ya gelen bazı kavimlerin akınları sonucunda M. Ö. 1190 tarihi civarında egemenliğini yitirmişlerdir. Bu yıllarda meydana gelen yıkım, talan ve katliamlar sonucunda Amasya’nın da içinde bulunduğu orta Anadolu’da Karanlık Çağ olarak adlandırılan ve 400 yıldan fazla devam eden bu dönem hakkında elde fazla bilgi bulunmamaktadır.

M. Ö. 750 den sonra siyasal bir güç olarak tarih sahnesine çıkmış olan Frigler Kral Midas döneminde (M.Ö. 725-695/675) sınırlarını genişletmiş ve bunun sonucunda Amasya yöresi de Friglerin egemenlik sahası içerisinde kalmıştır.

Frigler M.Ö. 676 yılında Kafkaslar üzerinden gelen Kimmerler’in şiddetli saldırıları karşısında dayanamayarak kısa sürede güçlerini kaybetmiş ve yıkılma sürecine girmiştir.

Kimmerler; bu dönemde Anadolu’da bulunan devletler karşısında bir tehdit unsuru olmuş ve sanatsal açıdan ilişkide bulundukları toplumları etkilemişlerdir.

Kimmerler, Karadeniz Bölgesi’nde yayılmış ve bu dönemde Amasya ve civarı Kimmerlerin egemenlik alanı içerisinde kalmıştır.

Amasya’da Kimmerler devrine ait fazla eser olmamakla birlikte Gümüşhacıköy İlçesi İmirler Köyü’ndeki bir kurgandan çıkarılarak Amasya Müzesine getirilen madenî savaş aletleri bu döneme ait eserlerdendir.

Anadolu tarihinde M.Ö. 675-585 arası önemli bir güç olarak varlığını hissettiren Kimmerler ve İskitler, daha sonra yavaş yavaş etkinliğini yitirmişlerdir.

Kimmerlerin yaşadığı çağda İskitler de tarih sahnesinde görülmektedir. Zaten Herodot’un da ifade ettiği gibi; İskitler genellikle Kimmerler’in yerleşim yerleri üzerine yerleşmişlerdir. Bu nedenle Amasya ve civarındaki Kimmer egemenliği sonrasında İskit egemenliği görülür.

M.Ö. 333 yılında meydana gelen İssus Savaşı’nda; Pers kuvvetlerinin Büyük İskender’in güçleri karşısında yenilmesi sonucunda, Amasya’nın da içinde bulunduğu Kuzey Kapadokya Bölgesi dışında Anadolu’nun büyük bir kısmı Makedonya Krallığı’nın egemenliğine girmiş ve böylelikle tarihte Hellenistik Çağ olarak bilinen ve Anadolu’da etkisini daha çok kültürel ve sanatsal boyutta hissettiren bir dönem başlamıştır. Bu dönem; özü itibariyle doğu ile batı inanç ve kültürlerinin sentezi olan bir dönemdir.

Büyük İskender’in ölümü üzerine (M.Ö. 323) Anadolu’da siyasi anlamda yeni bir süreç baş göstermiştir. Bu süreçte; Büyük İskender’in halefleri imparatorluğun birliğini sağlayamamış ve imparatorluk çeşitli krallıklara bölünerek dağılmıştır.

Bu gelişmeler yaşanırken M.Ö. 301 yılında Pers kökenli Mitridates Ktistes, Mitridates Krallığını kurarak Amasya’yı başkent yapmıştır.

Başkentin V. Mitridates Euergetes (150-120) döneminde Sinop’a nakledilmesine kadar uzun yıllar Mitridates Krallığının başkenti olarak kalmış olan Amasya’da, büyük bir imar faaliyeti başlamış ve özellikle Mitridates Eupator döneminde bu faaliyetle birlikte şehir bir kültür merkezi haline gelmiştir.

Bu dönemde; Mitridates Krallığı ile Roma İmparatorluğu arasında özellikle V. Mitridates zamanında gelişen iyi ilişkiler, Mitridates Eupator döneminde (M.Ö. 111-63) tersine dönmüş ve bunun sonucunda uzun yıllar süren Mitridates savaşları yaşanmıştır. En son M.Ö. 63 yılında Mitridates Eupator ile Romalı general Pompeius’un orduları arasında yapılan savaşta Eupator’un yenilmesi üzerine Amasya Roma askerleri tarafından işgal edilerek tahrip edilmiş Pompeius, Mitridates Krallığının egemenliğine son vererek topraklarını Bithynia bölgesiyle birleştirerek Bithynia-Mitridates Eyaletini oluşturmuş Amasya ve civarı Roma egemenliği altına girmiştir.

Mitridates Eupator’un oğlu olan Kırım Kralı II. Pharnakes, Roma İmparatorluğu içerisinde yaşanan iç savaşlar nedeniyle Mitridates Krallığının eski topraklarını bir süre geri almayı başarmış, fakat M.Ö. 47 yılında Zela (Zile) yakınlarında Caesar (Sezar) komutasındaki Roma birlikleriyle yaptığı savaşta yenilmesi üzerine, Amasya’nın da içinde bulunduğu topraklar tekrar Roma egemenliğine geçmiştir.

15. yüzyılın başında Timur’un Anadolu’yu işgal etmesi ve büyük yıkımlar yapmaya başladığı süreçte Amasya da Timur’un askerlerince yedi ay boyunca kuşatılmıştır.
Yıldırım Bayezid’in Ankara Savaşı’nda (1402) Timur’a yenilerek esir düşmesi ve sonrasında şehzadeleri arasında meydana gelen taht kavgaları üzerine, Fetret Devri olarak bilinen bu dağılma sürecinde Osmanlı birliğini sağlamaya çalışan ve bunda da başarılı olan Çelebi Sultan Mehmet, bu mücadele yıllarında Amasya’yı kendisine merkez edinmiştir.
1402 yılında Yakut Paşa’nın Amasya Emiri olduğu dönemde, Timur tarafından Kara Devletşah Amasya’ya emir olarak atanmış, fakat Kara Devletşah Amasya halkı ve ileri gelenlerince zalim bir insan olarak bilindiğinden onun emirliği tanınmamış ve şehre girmesine izin verilmemiştir. Bunun üzerine Kara Devletşah Kağala/Hakala Köyü’nde konaklamış ve burada şehrin diğer kısımlarına hükmetmiştir.

Çelebi Sultan Mehmet, Kara Devletşah’ın bu şekilde hareket etmesine karşılık onunla savaşarak bozguna uğratmış ve Kara Devletşah savaş meydanında öldürülmüştür.

Osmanlılar Devri’nde Amasya, 15. yüzyılın ilk yarısından itibaren şehzadelerin görev yaptığı bir sancak ve aynı zamanda Eyalet-i Rum’un da merkezi konumundadır.

Amasya, Yörgüç Paşa’nın Beylerbeyi olduğu dönemde (1422/1435); Sivas, Tokat, Çorum ve Samsun sancaklarından müteşekkil bir vilayet olup, bu dönemde Amasya’ya “Rumiyye Vilayeti” deniliyordu.

Bu dönemde Amasya ve civarında Kızıl Koca Oğulları namıyla bilinen ve mevcut sistemin disiplini altına girmemiş olan bir Türkmen topluluğunun ortaya çıktığı ve bu topluluğun yörede eşkıyalık yaptığı, Yörgüç Paşa’nın ise bazı hileler ile bu grubu ve ele başlarını yakalatarak kılıçtan geçirdiği bilinmektedir.

Osmanlılar Devri’nde Amasya’da görülen önemli olaylardan biri de tarihte Celalî İsyanları olarak bilinen toplumsal olaylardır. Özellikle 16. yüzyılda yaşanan bu olaylarda celalî grupları daha çok içinde Amasya’nın da bulunduğu Yeşilırmak Havzası içerisinde hareket etmişlerdir. Bu dönemde Amasya’da büyük kargaşalar yaşanmıştır.

Bu isyanlar içerisinde özellikle Amasya Sancak Beyliği de yapmış olan Urfalı Kara Yazıcı Abdülhalîm’in yaşattığı kargaşa önemlidir. 1603 yılında yaşanan bu olaylarda Kara Yazıcı Abdülhalîm’in taraftarları Amasya’yı yakmışlardır. Bu talan hareketi öylesine şiddetli bir şekilde yaşanmıştır ki, bu sırada Amasya eşraf ve âyânı servetleriyle birlikte kral mezarları içerisine sığınmak zorunda kalmıştır.

Amasya, Osmanlı İmparatorluğu tarihinde önemli olan bir antlaşmaya da tarihi mekan olmuştur. 1555 yılı nisan ayı sonunda yapılmış olan ve tarihte Amasya Antlaşması olarak bilinen bu antlaşma İran-Safevî Hanedanıyla yapılmış ilk ve önemli antlaşmalardan biridir. Bu sırada Kanunî Sultan Süleyman Amasya’da ikamet etmektedir.

Osmanlı tarihine yön veren bir çok şehzadenin Amasya’da yetişerek görev yapmış olması nedeniyledir ki, Amasya Osmanlı tarihinde “şehzadeler şehri” olarak tanınmıştır. Bu şehzadeler arasında; Çelebi Sultan Mehmet, II. Murat, Fatih Sultan Mehmet ve II. Bayezid gibi sonradan padişah olanlar da vardır. Ayrıca, Amasya’da görev yapmış ve burada ölmüş bazı şehzadeler de bilinmektedir.

Osmanlılar tarafından fethedildiği tarihten itibaren şehzadelerin tahtgâhı olan Amasya , Şehzade Bayezid’in 1559 tarihinde İran’a firar etmesinden sonra şehzade (çelebi sultan) sancaklığından çıkarılmış ve bu tarihten sonra Amasya’da hiçbir şehzade görevde bulunmamıştır.