1966 yılında Trabzon’un Akçaabat ilçesinde dünyaya gelen Mustafa Şen, lisans eğitimini Boğaziçi Üniversitesi Tarih Bölümü’nde tamamlayarak 1995 yılında mezun olmuştur. Ardından Sakarya Üniversitesi’nde Sosyoloji Bölümü’nde Yüksek Lisansını yapan Şen, Boğaziçi Üniversitesi Siyaset Bilimi ve Uluslararası İlişkiler Bölümü’nde ise doktora çalışmalarını yürütmüştür.

1980-1990 yılları arasında Milli Gençlik Vakfı (MGV) bünyesinde gençlik çalışmalarına katılan Mustafa Şen, ayrıca MGV İstanbul İl Başkanlığı görevini yürütmüştür.

Daha sonra Fazilet Partisi’nin İstanbul İl Yönetim Kurulu Üyeliği görevini yürüten Şen, aynı zamanda uzun süre GENAR Araştırma Merkezi’nin Genel Müdürlüğünü de yapmıştır.

Bir süre Başbakanlık Başmüşavirliği görevinde bulunan Mustafa Şen, AK Parti’den iki kez Milletvekilliği aday adaylığı yapmıştır.

Şen, 24 Mart 2021 tarihinde gerçekleşen AK Parti 7. Olağan Büyük Kongresi’nde ise AR-GE’den sorumlu Genel Başkan Yardımcılığı görevine getirilmiştir.

AK Parti Araştırma, Geliştirme ve Eğitim’den sorumlu Genel Başkan Yardımcılığı görevine halen devam etmekte olan Mustafa Şen, evli ve üç çocuk babasıdır. Ayrıca iyi derecede İngilizce bilmektedir.