1934 yılında Gaziantep’te doğdu. İlk ve ortaöğrenimini burada tamamladıktan sonra 1948’de Kuleli Askeri Lisesi’ne gitti. 1953’te Harp Okulu’nu bitirdi. 1967’de askerlikten ayrıldı.

1961’de mezun olduğu İstanbul Üniversitesi İktisat Fakültesi’nde asistanlık yaptı. 1965’te doktor, 1971’de doçent oldu.Mahir Kaynak, o dönemlerde gizlice Milli İstihbarat Teşkilatı’na (MİT) girdi. Kaynak, 1980 yılında da MİT’ten emekli oldu. 1989’da iktisat profesörü oldu. 1971 yılında MİT’e tayin edilen Mahir Kaynak, 1993 yılında Gazi Üniversitesi’nden emekliye ayrıldı. Yayımlanmış dört kitabı ve makaleleri bulunmaktadır.

14 Şubat 2015 tarihinde vefat etmiştir. Alınan bilgiye göre, geçen yıl kısmi felç geçiren Mahir Kaynak, gece evinde rahatsızlanmasının ardından kaldırıldığı askeri hastanede sabah saatlerinde vefat etti.

Mahir Kaynak’ın cenazesi, 16 Şubat Pazartesi günü Ataşehir Mimar Sinan Camisi’nde öğle vakti kılınan cenaze namazının ardından toprağa verildi.

Evli ve üç çocuk babasıdır.