1941’de İstanbul’da doğdu. Çankırı Lisesi’ni ve Ankara Üniversitesi Dil ve Tarih Coğrafya Fakültesi Tarih Bölümü’nü bitirdi. Aynı Fakülte de Türk İnkilâp Tarihi Enstitüsü’ne asistan oldu.

1972’de “İstiklâl Mahkemeleri 1920-1923”konulu teziyle Tarih Doktor’u oldu. 1973-1974 döneminde yedek subaylığını Genelkurmay Harp Tarihi Başkanlığı’nda takdirname alarak tamamladı. 1976-1977 arası bir yıl süreyle araştırmaları için İngiltere’de bulundu. 1979 yılında “İstiklâl Mahkemeleri 1923-1927” konulu teziyle doçent oldu. 1980 yılında Ege Üniverisitesi Edebiyat Fakültesinde Türkiye Cumhuriyeti Tarihi Doçenti olarak göreve başladı. Ege Üniversitesi Atatürk İlkeleri Bölüm Başkanlığı, Tarih Bölümü Başkanlığı, Tarih Bölümü Bnaşkanlığı ve Edebiyat Fakültesi Dekan Yardımcılığı görevlerinde bulundu. 1983 yılında Atatürk Kültür, Dil ve Tarih Yüksek Kurumu Atatürk Araştırma Merkezi bilim kurulu üyeliğine atandı. 1995 yılında bu üyeliğinden istifa etti.

1987 Şubat ayında Profesör olan Ergün Aybars, Dokuz Eylül Üniversitesi Atatürk İlkeleri ve İnkilap Tarihi Enstitüsü Müdürlüğüne atandı. Halen aynı görevini sürdürmektedir. Türk Silahlı Kuvvetleri Atatürk Araştırma ve Eğitim Merkezi bilim kurulu üyesidir.