17 Mart 2006 tarih ve 26111 sayılı Resmi Gazete ’de yayınlanan 5467 sayılı kanunla kurulmuştur. Bu kanunla, daha önce Trakya Üniversitesi’ne bağlı olan; Ziraat Fakültesi, Çorlu Mühendislik Fakültesi ve Sağlık Yüksekokulu ile Tekirdağ Meslek Yüksekokulu, Çorlu Meslek Yüksekokulu, Çerkezköy Meslek Yüksekokulu, Hayrabolu Meslek Yüksekokulu, Malkara Meslek Yüksekokulu, Marmara Ereğlisi Meslek Yüksekokulu, Muratlı Meslek Yüksekokulu, Saray Meslek Yüksekokulu, Şarköy Meslek Yüksekokulu Namık Kemal Üniversitesi’ne devredilmiştir.

Namık Kemal Üniversitesi, 2006 yılında başlayan yapılanma sürecinin ilk çalışmalarını Trakya Üniversitesi Rektörlüğü bünyesinde, daha sonra Tekirdağ’daki Namık Kemal Üniversitesi Uygulama Oteli’nde gerçekleştirmiştir. Rektörlük birimleri 2007 yılının Kasım ayında Tekirdağ merkezinde bulunan eski belediye binasında hizmet vermeye başlamış ve 2008 yılının Ocak ayından 2009 yılının Aralık ayına kadar Değirmenaltı Yerleşkesindeki Ziraat Fakültesi Dekanlık Binasında hizmete devam etmiş, Ocak 2010 tarihinden itibaren Merkezi Derslik binasında hizmet vermeye başlamış, yapımının tamamlanmasıyla birlikte Temmuz 2012 tarihinden itibaren ise yeni Rektörlük binasında taşınmış olup hizmetlerini burada sürdürmektedir.
Üniversite, 8 Fakülte, 3 Enstitü, 3 Yüksekokul, 11 Meslek Yüksekokulu, 6 Araştırma ve Uygulama Merkezi, Rektörlüğe bağlı 5 Bölüm Başkanlığı, toplam 26.500 öğrencisi ve 1.324 akademik ve idari personeli bulunmaktadır.