Şeyhülislam Yahya Efendi 1561 yılında doğdu. Sultan Üçüncü Murad dönemi şeyhülislamlarından, Zekeriya Efendi’nin oğludur. Önce babasından, sonra Abdülcebbarzade Mehmed Efendi’den ders gördü ve Şeyhülislam Malulzade Seyid Mehmed Efendi’den mülazemet aldı (1580).

Çeşitli medreselerde müderrislik yaptı. Halep, Şam, Mısır, Edirne ve İstanbul (1604) kadılıklarında bulundu. Anadolu ve Rumeli kazaskerliğine getirildi (1605). 1606 yılında azledildi. Sonra iki defa daha aynı görevde bulundu (1617). Sultan Genç Osman’ın öldürülmesi olayında görevinden feragat eden Esat Efendi’nin yerine şeyhülislam oldu (1622).

Sadrazam Kemankeş Ali Paşa ile arası açıldı ve bu sebepten dolayı azledildi (1623). Daha sonra iki defa daha aynı göreve getirildi (1625-1632, 1634). Sultan Dördüncü Murad’ın Revan ve Bağdat seferlerine katıldı.