4 Nisan 1944 tarihinde İstanbul‘da doğdu. Orta öğrenimini Avusturya Ortaokulu’nda, lise eğitimini de Vefa Lisesi’nde yaptı. 1967 yılında İstanbul Üniversitesi’nin İktisat Bölümü’nü bitirdikten sonra bu bölümün Siyasal Bilimler Kürsüsü’ne asistan olarak atandı. 1969’da “Kuruluş Dönemi Osmanlı Toplumunun Siyasal Yapısı” başlıklı çalışmasıyla doktor, 1974’de “Demokrasi Teorisi” başlıklı çalışmasıyla doçent, 1982’de de profesör oldu.

İstanbul Üniversitesi’nin yanısıra, değişik kurumlarda ders verdi. Yine ders vermek için, çeşitli dönemlerde ABD (Iowa) ile Almanya’da (Berlin – Münih) bulundu. Günümüzde, İstanbul Üniversitesi‘nin İktisat Fakültesi Siyaset Bilimi ve Uluslararası İlişkiler Bölümü başkanlığının yanı sıra, kurucuları arasında yer aldığı Bilgi Üniversitesi‘nde Yönetim Kurulu üyesi olarak görev yaptı.

Yayınladığı kitap sayısı 30’u geçen Ateş, 10 yılı aşkın bir süre boyunca Cumhuriyet Gazetesi’nde yazmıştır. Vefatı öncesi Bugün Gazetesi’nin yazarları arasında yer aldı ve bu gazetede yazdı.

Prof. Dr. Toktamış Ateş, kalp rahatsızlığı nedeniyle tedavi gördüğü hastanede hayatını kaybetti. Toktamış Ateş, bir süredir tedavi gördüğü İstanbul Üniversitesi (İÜ) İstanbul Tıp Fakültesi’nde organ yetmezliği nedeniyle 19 Ocak 2013 günü saat 02.00’de hayatını kaybetti.