11 Mayıs 1950 yılında doğdu. Liseden sonra iki yıllık teknisyen okulunun makine bölümünü bitirdi. Fransız Ferrokrom’un Antalya’da yeni kurulan fabrikasının makine atölyesinde staj yaptı. Fakat tornada çalışırken küçük bir talaş parçası gözüne sıçradı. Geçirdiği iş kazası nedeniyle o gün, meslekten soğudu. Üniversite sınav sonucu Makine mühendisliğine puanı yetmesine rağmen, mimarlığa kayıt yaptırdı.

1976 yılında İ.D.M.M.A. (bugünkü Yıldız Teknik Üniversitesi) Mimarlık Bölümü’ndeki lisans eğitimini, 1979’da ise Rölöve – Restorasyon dalındaki lisansüstü eğitimini bitirdi. Doktorasını İ.T.Ü Fen Bilimleri Enstitüsü Mimarlık Tarihi alanında yaptı (1981-1987).

Öğrenciliği sırasında mimarlık bürolarında çalışmaya başladı ve mezuniyetinin hemen ardından Ankara’da Turizm ve Tanıtma Bakanlığı – Turizm Yatırımları Grup Başkanlığı bünyesinde “Uzman Mimar” olarak görev aldı. 1986 yılında Yıldız Üniversitesi Mimarlık Fakültesi Restorasyon Anabilim Dalı’ndaki statüsü “Öğretim Görevlisi Dr.” oldu.

1988 yılında Üniversite’yi ve kadrolu eğitimciliği bırakarak, serbest meslek büro düzenine / proje-uygulama alanına yöneldi. Yeni yaşamının başlangıcında kurduğu “TURES – Turizm, Planlama ve Restorasyon Sanayi ve Ticaret Ltd. Şti.” nin halen sahibi ve müdürüdür. Aynı zamanda ÇEKÜL (Çevre ve Kültür Değerlerini Koruma ve Tanıtma Vakfı) Tasarım ve Uygulama Bölümü Başkanlığını yürütmektedir. Europa Nostra (Pan- European Federation for Heritage) üyesidir.

Ulusal Dergilerde makaleleri yayınlanmış, panel ve konferanslarda görevler almış, 07 Mayıs 2008 yılında “Bursagaz Yönetim Binası Mimari Proje Yarışması” nda juri üyeliği yapmıştır. Çok sayıda Rölöve Restorasyon Proje ve Uygulamaları, Mimari Proje ve Uygulamaları, Koruma Projeleri’ ne (Topkapı Sarayı, Mısır Çarşısı, Cumalıkızık) imza atan Dr. Mehmet ALPER, Yurtiçi ve yurtdışı Araştırma Projelerinde de görev almıştır.

Cibali Tütün ve Sigara Fabrikası’nın restore edilerek Kadir Has Üniversitesi’ne dönüştürülmesi nedeniyle “EUROPA NOSTRA 2003 DİPLOMA ÖDÜLÜ” kazanmıştır.

Dr. Mehmet Alper, Dr. Berrin Alper ile evlidir.