Buhara’da doğdu. Nakşibendiyye tekkesinin büyük kişilerinden Mahmud-ı Fağnevi’nin torunu olan Emir Ahmed-i Buhari, ilk tahsilini Buhara’da tamamladıktan sonra Semerkant’ta dönemin en ünlü mutasavvıfı Ubeydullah Ahrar’a intisap etti. Ahrar dergahında Anadolu’dan buraya gelmiş olan Abdullah-ı İlahi ile tanıştı. Anadolu’ya dönme hazırlığı yapan Abdullah-ı ilahi ile gitmek üzere, şeyhinden izin aldı.

Abdullah-ı İlahi memleketi olan Kütahya’nın Simav ilçesine yerleşince, Emir Buhari’de oraya yerleşti. Bir süre sonra hacca gitmek üzere yola çıktı. Kudüs’te Mescid-i Aksa’nın yanındaki odalardan birinde otururken, vakıf imkanlarından faydalanmayı kabul etmeyip kitaplarla uğraşarak geçimini sağladı. Bir yıl sonra Simav’a döndü. Abdullah-ı İlahi’den izin alarak İstanbul’a gitti. Emir Buhari, İstanbul’da ilk olarak Şeyh Vefa Tekkesine gitti.

Evrenoszade Ahmet Bey’in daveti üzerine Vardar Yenicesi’ne gitti. 1477’den itibaren irşad faaliyetine başlayan Emir Buhari, Nakşibendiyye tarikatını İstanbul’da yayan ilk mutasavvıf olma özelliğini kazanmış oldu. Fatih Camii’nin batısında oturan Emir Buhari’nin taleplerinin artması üzerine Sultan İkinci Bayezid, bir mescidle dervişler için özel hücreler yaptırarak, burasını Nakşibendi tekkesine dönüştürdü. Emir Buhari 1516 yılında vefat etti.