1959 yılında Ankara‘da doğdu. İlk, orta ve lise eğitimini Ankara’da tamamlayan Aygün, Gazi Üniversitesi İngiliz Dili ve Edebiyatı Bölümü‘nden mezun oldu. İnşaat müteahhitliği ve inşaat malzemeleri satışı yapan bir dükkanı bulunmaktadır.

Sosyal konularda raporlar hazırlatarak toplumla paylaşan Aygün özellikle kredi kartları konusundaki yanlış uygulamalara dikkat çekerek halkın beğenisini kazanmıştır.

Uzun süre Ankara Ticaret Odası Başkanlığı görevini yürüten Aygün, 2007 seçimlerinde Cumhuriyet Halk Partisi’nden milletvekili seçilmiştir.

Evli ve bir çocuk babasıdır.

Ergenekon soruşturması
1 Temmuz 2008 günü sabahı, Ergenekon Soruşturması kapsamında yapılan operasyon ile İstanbul Cumhuriyet Savcısı Zekeriya Öz ve Mehmet Ali Pekgüzel’in talimatıyla Ankara Emniyet Müdürlüğü’nün Terörle Mücadele Şubesi tarafından gözaltına alınmıştır.

Sinan Aygün’ün evinde arama yapan polisler, daha sonra Aygün ile birlikte ATO Genel Merkezi’ne geldi. Polislerin koluna girmiş biçimde ATO Genel Merkezi’ne girdi. Bu anlarda kameralar tarafından görüntülenen Aygün, gazetecilerin gözaltı nedenini sorması üzerine “Atatürk’ü sevmekle suçlanıyorum.” dedi. Aygün, ATO Genel Merkezi’ndeki odasına çıkarılarak, burada da polisler tarafından arama yapıldı.

Ergenekon soruşturması kapsamında Beşiktaş adliyesinde sorgulanan ATO Başkanı Sinan Aygün nöbetçi mahkeme kararı ile “terör örgütüne üye olmak suçundan” tutuklanarak Metris Cezaevi’ne gönderildi. Aygün’ün Adliye’den araca bindirilişi sırasında oldukça bitkin ve moralsiz olduğu gözlendi.

Tahliye Oldu
Ergenekon soruşturması kapsamında Kocaeli 2 No’lu F Tipi Yüksek Güvenlikli Cezaevi’nde tutuklu bulunan Ankara ticaret Odası (ATO ) Başkanı Sinan Aygün 15 Temmuz 2007 günü tahliye edildi.

Ergenekon soruşturması kapsamında tutuklanan ve 8 Temmuz 2008 tarihinde Kocaeli 2 No’lu F Tipi Yüksek Güvenlikli Cezaevi’ne konulan Aygün ‘ün tahliyesi, İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi ‘nin tahliye kararının Cezaevi’ne ulaşması üzerine gerçekleşti.

Aygün, işlemlerin tamamlanmasının ardından saat 21.32’de Cezaevi’nden çıktı.

Cezaevi çıkışında bekleyen gazetecilere açıklamalarda bulunan Aygün , şunları söyledi:

‘Tutukluluk halimi, Türkiye Cumhuriyeti Devletine , 14 gün misafir olarak kaldığımı kabul ediyorum. Gördüğünüz gibi giydiğim gömlekle daha sağlam, daha sıhhatli çıkıyorum. Allah içeridekilere sabır versin. Müsaade ederseniz, bu kadar açıklama yapıyorum. Yarın ATO Meclis toplantısı sonrası açıklama yapacağım.’

Aygün , İstanbul Cumhuriyet Başsavcısı Aykut Cengiz Engin ‘in ‘Ergenekon’ soruşturması iddianamesiyle ilgili açıklamasını izleyip izlemediğinin sorulması üzerine, o sırada Avukatlarıyla görüştüğünü, ancak serbest kaldığını televizyon haberlerinden öğrendiğini belirterek, ‘Türkiye Cumhuriyeti Devleti ‘ne teşekkür ediyorum’ dedi.